Misją Polskiego Towarzystwa Higienicznego od początku jego istnienia jest doskonalenie i ochrona zdrowia społeczeństwa poprzez: działalność naukową; publicystyczną i szkoleniową oraz
rozwijanie współpracy wielodyscyplinarnej i wielosektorowej, inicjowanie wspólnych działań na rzecz ochrony zdrowia i poprawy jakości życia obywateli.
Realizując swoją misję Towarzystwo współpracuje z władzami państwowymi i samorządowymi, uczelniami polskimi i zagranicznymi, pokrewnymi towarzystwami i
organizacjami fachowymi oraz naukowymi w Polsce i na świecie, związanymi z działalnością ochrony zdrowia, szeroko pojętą profilaktyką i higieną.
Realizacja Misji Towarzystwa osiągana jest poprzez reprezentowanie fachowej i społecznej opinii w sprawach rozwoju higieny, oświaty zdrowotnej,
zdrowia publicznego oraz współpracę z instytucjami i organizacjami w zakresie higieny, oświaty zdrowotnej, zdrowia publicznego w kraju i zagranicą.
Działalność naukowa opiera się przede wszystkim na organizowaniu zebrań naukowych, sympozjów, zjazdów, kongresów, wykładów oraz kursów dokształcania
specjalistycznego oraz prowadzeniu działalności wydawniczej. Dodatkowo PTH prowadzeni działalność popularyzatorską w
celu zaznajomienia społeczeństwa z problematyką higieny, oświaty zdrowotnej i zdrowia publicznego.